KEPALA KANTOR
Dalam melaksanakan tugasnya Kepala Kantor secara administratif dibina oleh Sekretariat Direktorat Jenderal dan secara teknis fungsional dibina oleh Direktorat di Lingkungan Direktorat Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit.
SUBBAGIAN TATA USAHA
Subbagian Tata Usaha mempunyai tuga melakukan koordinasi dan penyusunan program, pengelolaan informasi, evaluasi , laporan, urusan tata usaha, keuangan, penyelenggaraan pelatihan , kepegawaian, serta perlengkapan dan rumah tangga.
SEKSI PENGENDALIAN KARANTINA DAN SURVEILANS EPIDEMIOLOGI
Seksi Pengendalian Karantina dan Surveilans Epidemiologi mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perencanaan, pemantauan, evaluasi, penyusunan laporan dan koordinasi pelaksanaan kekarantinaan, surveilans epidemiologi penyakit, penyakit potensial wabah, penyakit baru dan penyakit muncul kembali, pengawasan alat angkut dan muatannya, lalu lintas OMKABA, jejaring kerja, kemitraan, kajian, serta pengembangan teknologi, pelatihan teknis bidang kekarantinaan dan surveilans epidemiologi di wilayah kerja bandara, pelabuhan dan lintas batas darat negara.
SEKSI PENGENDALIAN RISIKO LINGKUNGAN
Seksi Pengendalian Risiko Lingkungan mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perencanaan, pemantauan, evaluasi, penyusunan laporan dan koordinasi pelaksanaan pengendalian vektor dan binatang penular penyakit, pembinaan sanitasi lingkungan, jejaring kerja, kemitraan, kajian dan pengembangan teknologi serta pelatihan teknis bidang pengendalian risiko lingkungan di wilayah kerja bandara, pelabuhan dan lintas batas darat negara.
SEKSI UPAYA KESEHATAN DAN LINTAS WILAYAH
Seksi Upaya Kesehatan dan Lintas Wilayah mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perencanaan, pemantauan, evaluasi, penyusunan laporan dan koordinasi pelayanan kesehatan terbatas, kesehatan kerja, kesehatan matra, kesehatan haji, perpindahan penduduk, penanggulanan bencana, vaksinasi internasional, pengembangan jejaring kerj, kemitraan, kajian dan teknologi, serta pelatihan teknis bidang upaya kesehatan di wilayah kerja bandara, pelabuhan dan lintas batas darat negara.
INSTALASI
Instalasi merupakan fasilitas penunjang penyelenggaraan operasional KKP dan penunjang administrasi.
KELOMPOK JABATAN FUNGSIONAL
Kelompok Jabatan Fungsional mempunyai tugas melakukan kegiatan sesuai dengan jabatan fungsional masing-masing berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.