Balai Kekarantinaan Kesehatan (BKK) Kelas I Cilacap merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) di bawah Direktorat Jenderal Pengendalian Penyakit, Kementerian Kesehatan Republik Indonesia.
Berdasarkan Permenkes No. 10 Tahun 2023, tugas dan fungsi UPT Bidang Kekarantinaan Kesehatan mempunyai tugas melaksanakan upaya cegah tangkal keluar atau masuknya penyakit dan/atau faktor risiko kesehatan di wilayah kerja pelabuhan, bandar udara, dan pos lintas batas darat negara.
Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas I Cilacap terletak di Cilacap yang juga sebagai kantor induk. Wilayah kerja BKK Kelas I Cilacap tersebar seperti gambar berikut :

Selain Kantor Induk yang terletak di Jl.R.E Martadinata Cilacap, BKK Kelas I Cilacap juga memiliki kantor di wilayah kerja, yaitu sebagai berikut :
- Kantor Wilayah Kerja Pangandaran
- Kantor Wilayah Kerja Tegal
- Kantor Wilayah Kerja Pemalang

