Pada masa Kemerdekaan, sekitar tahun 1949/1950 Pemerintah RI membentuk 5 Pelabuhan Karantina, yaitu : Pelabuhan Karantina Klas I : Tg. Priok dan Sabang, Pelabuhan Karantina Klas II : Surabaya dan Semarang serta Pelabuhan Karantina Klas III : Cilacap. Inilah periode awal PERAN RESMI PEMERINTAH RI DALAM KESEHATAN PELABUHAN DIMULAI.
Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Cilacap sebagai Unit Pelaksana Teknis (UPT) dari Kementerian Kesehatan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit (Dirjen P2P) terletak di provinsi Jawa Tengah yang memiliki 4 (empat) wilayah kerja berdasarkan Permenkes nomor 2348 tahun 2011 dengan perincian 3 wilayah kerja adalah pelabuhan laut dan 1 wilayah kerja adalah bandar udara, yaitu :
-
1. Pelabuhan Laut Pangandaran
-
2. Pelabuhan Laut Pemalang
-
3. Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap
-
4. Bandara Tunggul Wulung Cilacap